H NMR 스펙트럼은 보통 다음과 같은 방법으로 얻는다. 구조를 알고자 하는 시료를 H핵이 없는 비활성 용매에 녹인다. 용매로는 CCl4, CDCl3 등이 있다. 수소 원자를 중수소로 치환한 용매를 사용한다. 여기에 표준물질을 조금 가한다. 이 용액을 가느다란 유리관에 넣은 후 자장의 두 극 사이에 위치한 rf 코일의 중앙에 넣는다. 그러면 핵은 자장과 같은 방향과 반대방향으로 정렬한다.
rf코일을 통해 에너지를 연속적으로 증가시키면서 핵에 가해준다. 이렇게 가해진 에너지가 낮은 에너지 스핀 상태와 높은 에너지 스핀 상태 간의 에너지 차이와 일치하면, 핵은 에너지를 흡수한다. 핵이 에너지를 흡수하면 그 핵은 걸어준 진동수와 공명상태에 있다고 말하는데, 이런 이유로 핵자기공명이라고 하는 것이다. 시료가 흡수한 에너지와 외부에서 걸어준 rf 코일의 진동수 관계를 그래프로 나타낸 것이 NMR 스펙트럼이다.
수소 핵의 공명 진동수를 결정하는 방법은 두가지가 있다. 자기장의 세기와 두 핵 스핀 상태 간의 에너지 차이는 비례하므로 자기장의 세기나 rf, 두 가지 모두를 변화시켜 조절할 수 있다. 초기의 NMR 분광기는 일정한 rf를 가하면서 외부 자기장의 세기를 변화시키면서 다른 환경에 있는 수소 핵이 다른 자기장의 세기에서 공명이 일어나게 했다.
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